Een andere dienst die de Natuurderij levert, is het onderhoud van de vergravingen die Rijkswaterstaat in de periode 2012-2015 uitvoert in het kader van het nationale programma Ruimte voor de Rivier. Binnen dit programma wordt er simpel gezegd voor gezorgd dat de rivier de IJssel bij hoogwater makkelijker en beter beheersbaar buiten haar oevers kan treden en in de uiterwaarden terecht kan. 

Het erf en de gebouwen van Keizersrande worden geplaatst op een nieuw op te werpen terp, die bij hoog water pal aan de rivier zal liggen. De werkzaamheden op het bedrijf hebben een directe verbinding met de waterstand van de IJssel  en het beheer van de uiterwaarden. Naast dat het bedrijf de diverse nieuwe geulen onderhoudt, zorgt ook Intensieve begrazing van de koeien in het gebied ervoor dat het gras kort blijft en er geen wilgenopslag kan ontstaan. Dit alles maakt dat de IJssel bij hoogwater makkelijker buiten de oevers kan treden op de plaats waar het de bedoeling is en niet in de stad. Hiermee draagt het bedrijf in niet geringe mate bij aan het  droog houden van Deventer en haar inwoners.

Bezoekers van de Natuurderij wordt zo een kijkje gegund in de keuken van het waterbeheer in Nederland. Hiermee hoopt Keizersrande een bepaalde mate van bewustzijn te kweken over de noodzaak van waterbeheer en laat zien wat de invloed is van het beheer op waterberging en doorstroming.